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Ce variant sud-africain du Covid-19 présente des similitudes préoccupantes avec Delta

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Ce variant sud-africain du Covid-19 présente des similitudes préoccupantes avec Delta
Une nouvelle souche de coronavirus détectée en Afrique du Sud présente des similitudes importantes avec les variants les plus préoccupants, dont Delta. © Michele Spatari/AFP/Getty Images
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De temps à autre, un variant du coronavirus fait réfléchir les scientifiques. Ce mois-ci, il s'agit du variant C.1.2, qui a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en mai. Selon une nouvelle étude qui n'a pas encore fait l'objet d'un examen par les pairs, ce variant est porteur de "constellations inquiétantes de mutations" qui pourraient le rendre hautement transmissible ou résistant aux défenses immunitaires de l'organisme, dopées par un vaccin ou une infection antérieure.

Les scientifiques ne connaissent pas encore l'ampleur de la menace que représente le C.1.2, mais il partage plusieurs mutations clés avec d'autres variants comme Alpha, Beta, Gamma et Delta. L'Organisation mondiale de la santé considère ces quatre variants comme "préoccupants", ce qui signifie qu'ils sont plus transmissibles que les autres souches, qu'ils provoquent des maladies plus graves ou qu'ils sont plus résistants aux vaccins.

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Les chercheurs sud-africains tentent de déterminer si la souche C.1.2 présente un avantage par rapport au variant Delta — la version la plus dangereuse du virus à ce jour. Au mercredi 1er septembre, environ 107 séquences de C.1.2 ont été signalées dans le monde, contre plus d'un million pour Delta. Mais la plupart des provinces sud-africaines ont détecté des cas de C.1.2, et le variant a également été repéré dans 10 autres pays d'Afrique, d'Europe, d'Asie et d'Océanie.

C.1.2 partage plusieurs mutations clés avec d'autres variants

Des chercheurs séquencent des échantillons de coronavirus au laboratoire de microbiologie de l'hôpital universitaire de Badajoz, en Espagne, le 15 avril 2021. Javier Pulpo/Europa Press/Getty Images

Le C.1.2 a évolué à partir d'un autre variant, le C.1, qui a provoqué la vague d'infections au coronavirus en Afrique du Sud l'été dernier. Mais il est plus inquiétant pour plusieurs raisons. Tout d'abord, le variant contient plusieurs mutations dans le code génétique de sa protéine Spike — les bosses pointues en forme de couronne à la surface du virus qui l'aident à envahir nos cellules. Les variants préoccupants partagent certaines de ces mutations clés, qui semblent aider le virus à se propager plus facilement ou à échapper aux défenses du système immunitaire.

Les chercheurs sud-africains ont également découvert un ensemble supplémentaire de mutations sur C.1.2 qui pourraient rendre le virus plus infectieux ou résistant aux vaccins. Ces mutations sont encore plus alarmantes que celles qui sont partagées avec d'autres variants, écrivent les chercheurs. En effet, les scientifiques s'inquiètent surtout d'un nouveau variant doté de propriétés qui lui permettraient de supplanter le virus Delta.

Mais le C.1.2 est loin d'égaler la diffusion mondiale de Delta

Des cliniciens sortent de la chambre d'un patient dans l'unité de soins intensifs du Lake Charles Memorial Hospital, en Louisiane, le 10 août 2021. Mario Tama/Getty Images

Un variant présentant un avantage important sur Delta commencerait rapidement à représenter une part de plus en plus grande des cas de coronavirus. Cela semble être le cas pour C.1.2 en Afrique du Sud : ce variant représentait 0,2 % des cas séquencés dans le pays en mai, puis 1,6 % en juin, et enfin 2 % en juillet. Ce schéma est similaire à la montée précoce de Delta en Afrique du Sud, ont écrit les chercheurs.

Toutefois, à l'échelle mondiale, les cas de C.1.2 semblent avoir atteint un pic début juillet, puis avoir diminué au cours des deux derniers mois, selon les données du système de suivi Outbreak.info de Scripps Research.

La responsable technique de l'OMS pour le Covid-19, Maria van Kerkhove, a déclaré lundi sur Twitter que la circulation du C.1.2 ne semblait pas augmenter, et que le Delta semblait toujours dominant. "Mais nous avons besoin que davantage de séquençages soient effectués et partagés au niveau mondial", a-t-elle ajouté.

Les États-Unis séquencent actuellement moins de 2% de leurs cas de coronavirus, selon les données du GISAID, une base de données mondiale qui recueille les génomes des coronavirus. Le pays qui effectue le plus de séquençage, l'Islande, en séquence près de 44 %.

Version originale : Aria Bendix/Insider

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