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Comment les variants menacent de réduire à néant tous nos progrès dans la lutte contre le Covid-19

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Le coronavirus continue d'évoluer vers de nouveaux variants, plus "adaptés", et il est possible que nous ne puissions pas l'arrêter avec des vaccins. © Samantha Lee/Insider
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Pour la première fois depuis plus d'un an, les gens commencent à avoir l'espoir que la pandémie se termine enfin. L'Europe est en passe d'être largement vaccinée d'ici la fin de l'été. Paris et New York ont annoncé leur réouverture aux activités commerciales. Mais en réalité, nous entrons dans l'un des moments les plus précaires de la pandémie. Nous sommes dans une course critique entre les vaccins et les variants du coronavirus, et malgré tous les progrès réalisés ces derniers mois, l'issue est loin d'être certaine. -

Moins d'une personne sur dix sur la planète a reçu ne serait-ce qu'une seule dose d'un vaccin contre le Covid-19, alors que de nouveaux variants effrayants infectent les gens à un rythme record. Et cela nous expose tous — même, dans le pire des cas, les personnes vaccinées — au risque de devoir retourner à la case départ. La situation est si alarmante que les experts en santé publique et les virologues avec lesquels Insider s'est entretenu semblent plus découragés par l'état de la pandémie qu'il y a quelques mois, lorsqu'il semblait que les vaccins allaient aplanir la courbe des contaminations.

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"Cela ne s'annonce pas bien, pour être tout à fait honnête", s'alarme le Dr James Hildreth, virologue de premier plan, qui fait partie du comité consultatif de la Food and Drug Administration, qui autorise les vaccins Covid-19 aux États-Unis. "On dirait presque que la disponibilité des vaccins, et le fait de savoir qu'ils arrivent, a poussé certaines personnes à baisser leur garde un peu trop tôt."

Les scientifiques qui ont suivi la propagation des variants depuis l'aube de la pandémie ont vu avec horreur de nouvelles mutations plus infectieuses prendre le dessus. "Jusqu'en novembre, la plupart des gens ne se préoccupaient pas vraiment des variants", se souvient l'épidémiologiste Michael Osterholm, directeur du Centre de recherche et de politique sur les maladies infectieuses de l'Université du Minnesota. "C'était juste une sorte de curiosité, un moyen de mesurer l'âge du virus".

La grande question est maintenant de savoir si nous avons vu les pires variations de ce virus. De plus en plus, les scientifiques penchent dans le camp de ceux qui n'en sont pas si sûrs. Et cette perspective est inquiétante.

Il y a trois façons dont les variants pourraient gagner

Le rythme limité des vaccinations offre au virus de nombreuses occasions de chercher des failles à exploiter dans nos défenses. Sarah Silbiger/Getty Images

La mauvaise nouvelle, c'est que le rythme limité des vaccinations offre au virus de nombreuses occasions de chercher des failles à exploiter dans nos défenses. En évoluant et en s'adaptant constamment à son habitat d'origine — nous — le Covid-19 cherche à survivre en créant la version la plus "apte" de lui-même. Pourtant, tous nos vaccins actuels ont été conçus pour combattre le virus identifié pour la première fois à Wuhan, en Chine, il y a près d'un an et demi.

Cette version du virus n'existe pratiquement plus, car elle a été supplantée par des variants plus adaptés, notamment ceux qui se sont révélés plus transmissibles, résistants à certains vaccins et capables de réinfecter les gens. B.1.1.7, le variant identifié pour la première fois au Royaume-Uni, est maintenant responsable de la plupart des cas de Covid-19 en Europe et en Amérique du Nord.

La bonne nouvelle est que les vaccins dont nous disposons sont si puissants qu'ils résistent bien aux mutations. (L'exception notable jusqu'à présent est le vaccin d'AstraZeneca, que le Dr Anthony Fauci a qualifié de "pas très bon" pour parer au variant B.1.351, découvert pour la première fois en Afrique du Sud). En outre, presque toutes les grandes entreprises pharmaceutiques se démènent pour créer de nouveaux vaccins et des rappels, dans l'espoir qu'ils aient une longueur d'avance sur les variants.

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Il y a trois façons importantes pour le virus de déjouer nos vaccins. Tout d'abord, et c'est essentiel, tous les vaccins dont nous disposons ciblent les protéines de pointe — ou spike, en anglais — du coronavirus, les bosses pointues en forme de couronne à la surface du virus qui l'aident à envahir nos cellules. Si des mutations multiples, susceptibles de changer la donne, se produisent sur ces protéines, nos vaccins actuels pourraient devenir inutiles : les anticorps induits par les vaccins seraient incapables de repousser les nouveaux variants. Le variant P.1, identifié pour la première fois au Brésil, présente trois mutations sur la protéine spike et réinfecte les personnes qui ont déjà eu le Covid-19.

Deuxièmement, il y a la possibilité de ce que les virologues appellent des "mutants d'échappement", c'est-à-dire des variants du virus qui sont suffisamment rusés pour passer outre les défenses immunitaires que nous avons réussi à mettre en place. Il se trouve que l'environnement actuel que nous avons créé, dans lequel nous n'avons atteint qu'une immunité collective partielle, crée les circonstances idéales pour l'apparition de mutants d'échappement. La présence d'un grand nombre de personnes partiellement vaccinées, ou de communautés où l'immunité virale est faible ou en déclin, peut exercer une pression sélective sur le virus, en éliminant de la compétition les variants contre lesquelles les vaccins sont les plus efficaces.

"Avec un peu de chance, nous n'aurons pas à faire face à des mutants d'échappement, mais ce n'est pas quelque chose que nous pouvons écarter d'un revers de main, car cela pourrait arriver", avertit James Hildreth. "Ce que l'on ne sait pas, c'est si, alors même que nous sommes assis ici et que nous parlons, il y a une personne qui se promène où une combinaison de mutations a créé en son sein un variant qui va se propager rapidement, et contre laquelle les vaccins ne fonctionnent pas."

Les virus qui échappent totalement au vaccin, nous n'en sommes pas nécessairement si loin

D'autres experts partagent l'inquiétude de James Hildreth. "Les virus qui échappent totalement au vaccin, nous n'en sommes pas nécessairement si loin", a déclaré Ravindra Gupta, professeur de microbiologie à l'université de Cambridge, qui a étudié la mutation d'échappement E484K, déjà présente dans presque tous les variants les plus préoccupants.

Troisièmement, et c'est peut-être le plus troublant, même si nous ne sommes pas abattus par un variant d'échappement ou par des modifications majeures de la protéine spike du virus, personne ne sait combien de temps nos vaccins actuels offriront une protection complète contre le virus et ses variants qui apparaissent rapidement. Ce dont les scientifiques sont sûrs, c'est que la protection vaccinale ne durera pas éternellement, ce qui pourrait rendre les personnes vaccinées à nouveau vulnérables au virus dans les années à venir — ouvrant la porte à une autre méga-vague d'infections.

"Nous devrons — probablement cet été et cet automne — commencer à planifier la prochaine génération de vaccins", estime le Dr Ashish Jha, doyen de l'école de santé publique de l'université Brown.

Le plus grand espoir

Les scientifiques s'empressent de fabriquer des vaccins à "ARN messager" qui entraînent l'organisme à combattre le virus par lui-même.  Abdulhamid Hosbas/Anadolu Agency via Getty Images

Même lorsqu'une grande partie de la population aura été vaccinée, les personnes immunodéprimées resteront vulnérables au Covid-19 et à ses effets durables. Si nous ne parvenons pas à maîtriser la pandémie assez rapidement, les corps non vaccinés pourraient devenir le parfait terrain de reproduction perpétuel des variants. C'est une autre raison pour laquelle il est faux de suggérer que les jeunes n'ont pas besoin d'être vaccinés : une couverture de protection qui ne couvre que la moitié de la population ne suffira pas.

Il est également possible que les personnes vaccinées qui sont infectées mais ne développent jamais de symptômes deviennent des réservoirs discrets de variants.

Même si les redoutables mutants d'échappement ne bouleversent pas complètement nos progrès, les perspectives mondiales pour les deux prochaines années restent sombres. Dans le meilleur des cas : les États-Unis, l'Europe, Israël et peut-être quelques autres pays atteignent des niveaux de vaccination suffisamment élevés pour contenir le virus à des épidémies occasionnelles, tandis que le reste du monde continue à faire face à une véritable pandémie qui tue des millions de personnes et perturbe la chaîne d'approvisionnement mondiale. Il convient de rappeler que la plupart des vaccins du monde sont fabriqués en Inde, où une vague paralysante d'infections au Covid-19 a fait s'accumuler les cadavres si vite qu'ils sont incinérés dans des parkings.

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"Ce n'est pas l'avenir que je souhaite pour l'année ou les deux années à venir", s'alarme Ashish Jha. "Et je pense que ce n'est pas l'avenir qu'aucun d'entre nous ne souhaite".

Heureusement, les scientifiques s'accordent à dire qu'il y a encore une grande raison d'espérer. Après des décennies de recherches acharnées, de nouveaux vaccins basés sur l'ARN messager sont arrivés en force. La beauté de la technologie des vaccins à ARNm est qu'elle entraîne l'organisme à combattre le virus par lui-même. Il n'est donc pas nécessaire d'incuber les virus, ce qui représente un énorme gain de temps. Les nouveaux vaccins à ARNm peuvent, littéralement, être développés en un week-end. Et si l'on considère que seuls deux ou trois variants du virus Covid-19 semblent être responsables de la plupart des difficultés actuelles, il n'est pas difficile d'imaginer qu'ils puissent être contenus par une deuxième génération de vaccins à succès. Pfizer et Moderna travaillent déjà sur leurs rappels, et GSK développe un vaccin qui ciblerait plusieurs variants à la fois.

Les scientifiques espèrent également que, compte tenu de tout ce qu'ils apprennent sur les nouveaux variants, ils pourront un jour proposer un cocktail unique de multi-coronavirus qui résisterait à toutes les menaces. Mais même si les concepteurs de vaccins mettaient au point un tel cocktail de rêve — une gageure étant donné que cela n'a jamais été fait — il est difficile de faire de ce genre de concoction un succès. En essayant d'entraîner l'organisme à combattre de nombreuses versions du virus en même temps, nos systèmes immunitaires deviennent nécessairement moins robustes pour faire face à chaque adversaire.

En attendant, nous devons agir plus rapidement pour administrer les vaccins dont nous disposons à un plus grand nombre de personnes. "Si les gens se font vacciner, si nous parvenons à le faire, je pense que nous serons en bien meilleure posture que nous ne l'imaginons", a déclaré le Dr Stanley Perlman, l'un des principaux experts en virus du comité consultatif sur les vaccins de la FDA, qui étudie les coronavirus depuis près de quatre décennies.

La plus grande menace

Une crémation de masse pour les victimes du coronavirus à New Delhi le 22 avril. Alors que le nombre de décès augmente en Inde, les experts craignent l'émergence de nouveaux variants résistants aux vaccins.  REUTERS/Danish Siddiqui

D'ici là, la plus grande menace à laquelle nous sommes confrontés est notre propre complaisance. D'un point de vue mondial — qui est le seul qui compte dans une catastrophe épidémiologique de cette ampleur — les choses empirent, au lieu de s'améliorer. Le nombre de cas de Covid-19 signalés dans le monde au cours des deux dernières semaines est plus élevé que pendant les six premiers mois de la pandémie. Plus de la moitié des cas signalés la semaine dernière l'ont été au Brésil et en Inde, où les experts craignent l'apparition d'autres variants susceptibles d'échapper aux vaccins.

À ce stade, après avoir passé plus d'un an dans divers états de confinement, il est compréhensible que les gens traitent les vaccinations comme une autorisation de sortie. En Inde, des dizaines de millions de personnes se sont récemment rendues à la Kumbh Mela, l'un des plus grands festivals de la planète, et nombre d'entre elles sont tombées malades. Et le Japon fait toujours pression pour organiser les Jeux olympiques d'été cette année, même s'il a connu la plupart de ses décès dus au Covid-19 au cours des derniers mois.

En ce moment, nous sommes comme un boxeur trop confiant qui baisse sa garde au dernier round. Même si nous tenons le virus dans les cordes, nous lui donnons une occasion en or de porter un coup fatal. Compte tenu du faible taux de vaccination dans le monde, l'envie d'enlever nos masques et de nous déplacer librement ne fera que favoriser l'émergence et la propagation de nouveaux variants. Selon les scientifiques, tant que nous ne serons pas en mesure d'atteindre une immunité de groupe, nous devons comprendre que les vaccins seuls ne suffisent pas. Les mesures préventives de base, comme les masques et la distanciation sociale, restent essentielles pour arrêter la propagation du Covid-19 et de nouveaux variants mortels qu'il s'empresse de développer.

"Nous devrions être optimistes, avec les yeux grands ouverts sur les risques", pense James Hildreth. "Je me suis fait vacciner en décembre. Si je suis dehors, croyez-moi, je porte mon masque. Je sais que je suis protégé contre les souches contre lesquelles le vaccin a été développé. Mais je ne sais pas s'il n'existe pas un variant qui pourrait encore m'infecter."

Version originale : Hilary Brueck/Insider

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