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Une bactérie vieille de 5 000 ans découverte dans des ossements datant de l'âge de pierre

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Une bactérie vieille de 5 000 ans découverte dans des ossements datant de l'âge de pierre
Une partie de la boîte crânienne d'un homme décédé il y a 5 000 ans de la peste. © Dominik Göldner/BGAEU, Berlin
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Il y a 5 000 ans, un rongeur a mordu un chasseur-cueilleur de l'âge de pierre. La créature était porteuse d'une souche de bactérie pernicieuse appelée Yersinia pestis — l'agent pathogène qui a provoqué la peste noire, ou peste bubonique, dans les années 1300. La bactérie a probablement tué l'homme, qui est mort à l'âge de 20 ans, selon une étude publiée mardi 29 juin dans Cell Reports. Il s'agit de la plus ancienne souche de peste connue à ce jour par la science.

Le génome de cette souche ressemble beaucoup à la version de la peste qui a ravagé l'Europe médiévale plus de 4 000 ans plus tard, tuant jusqu'à la moitié de la population de la région en l'espace de sept ans. Mais il lui manque quelques gènes clés, notamment ceux qui ont contribué à sa propagation.

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Contrairement à ses descendants microbiens, la peste qui a rendu malade le chasseur antique était une maladie à évolution lente et peu transmissible, selon Ben Krause-Kyora, professeur d'analyse de l'ADN ancien à l'université de Kiel, en Allemagne, qui a cosigné la nouvelle étude. "Il lui manquait les gènes qui permettaient la transmission par la puce", a-t-il expliqué à Insider. Pendant la peste noire, les piqûres de puces et de poux étaient la principale source d'infections.

Ainsi, au cours des millénaires qui se sont écoulés entre la disparition des chasseurs-cueilleurs et la peste noire, la bactérie Y. pestis a muté d'une manière qui lui a donné la capacité de passer d'une espèce à l'autre par l'intermédiaire des puces. "Cette mutation a été l'un des principaux moteurs d'une peste rapide et répandue", a indiqué Ben Krause-Kyora.

Des bactéries dans le sang

La bactérie Yersinia pestis vue au microscope. Cette bactérie est à l'origine de la peste bubonique. NIAID

Le chasseur-cueilleur de l'âge de pierre est mort dans une région qui est aujourd'hui la Lettonie. Près de ses ossements, les anthropologues ont également exhumé les restes d'un autre homme, d'une adolescente et d'un nouveau-né, mais aucun n'avait été infecté.

Le groupe de Ben Krause-Kyora n'était pas parti à la recherche d'anciennes victimes de la peste — il voulait plutôt voir si les quatre personnes enterrées étaient apparentées. Mais avant de procéder à l'analyse génétique prévue, l'équipe a analysé l'ADN ancien extrait des os et des dents à la recherche de traces d'agents pathogènes. C'est ainsi qu'ils ont trouvé la bactérie.

Le site de Riņņukalns sur les rives de la rivière Salaca en Lettonie, où des ossements vieux de 5 000 ans ont été découverts. Harald Lübke/ZBSA, Schloss Gottorf

Les chercheurs ont ensuite comparé le génome de la bactérie à d'autres anciennes souches de peste. Une étude précédente décrivait d'autres souches vieilles d'environ 5 000 ans, mais Ben Krause-Kyora a précisé que cette souche particulière était plus vieille de quelques centaines d'années. Son équipe a donc conclu qu'il s'agissait de la plus ancienne version connue de Y. pestis.

L'ADN du chasseur-cueilleur a également montré qu'il avait une grande quantité de bactéries dans son corps, ce qui suggère qu'il en est mort. Le site de sa tombe indique que les autres membres de son groupe l'ont méticuleusement enterré, selon l'étude. "Il est difficile de dire s'il est décédé rapidement", a déclaré Ben Krause-Kyora, ajoutant que "d'après le nombre de bactéries présentes, il semble qu'il ait survécu à une dose plus élevée et qu'il ait vécu plus longtemps ou de manière plus chronique avec cette maladie".

La mâchoire d'un chasseur-cueilleur de l'âge de pierre enterré à Riņņukalns, en Lettonie, il y a environ 5 000 ans. Dominik Göldner/BGAEU, Berlin

La peste peut prendre trois formes. La bubonique est le type qui a ravagé l'Europe et qui laissait les victimes avec des ganglions lymphatiques enflés et douloureux. La septicémique désigne les infections dans lesquelles la bactérie pénètre dans la circulation sanguine et la peau du patient devient noire et meurt. La peste pneumonique, quant à elle, peut provoquer une insuffisance respiratoire.

Ben Krause-Kyora pense que le chasseur antique était atteint de peste septicémique, ce qui pourrait expliquer pourquoi aucun autre membre de son petit groupe n'a contracté la maladie. "Il aurait fallu qu'ils soient en contact direct avec son sang", a-t-il expliqué, ou qu'un autre rongeur infecté les morde.

Une peste qui évolue

Le tableau intitulé "La charrette des morts", de l'artiste français Jean-Pierre Moynet, représente une charrette remplie de corps de personnes décédées de la peste noire dans les années 1300. Wikimedia Commons

La peste est essentiellement zoonotique, c'est-à-dire qu'elle passe des animaux hôtes aux humains. Selon Ben Krause-Kyora, le cas du chasseur-cueilleur peut montrer aux épidémiologistes comment les agents pathogènes zoonotiques — comme Ebola, la grippe porcine et (très probablement) le nouveau coronavirus — évoluent avec le temps. "Nous devons nous interroger sur le fait que l'évolution des zoonoses peut prendre des milliers d'années", a-t-il exposé.

Un laboratoire spécialisé dans l'ADN ancien à l'université de Kiel. Benjamin Krause-Kyora/Kiel University

À l'époque où vivait l'homme de l'âge de pierre, la peste ne provoquait pas d'épidémies généralisées. Y. pestis apparaissait ici et là dans des groupes de chasseurs-cueilleurs, d'agriculteurs et de nomades à travers l'Eurasie, mais il n'y a jamais eu d'événement de type "mort noire". "Cette découverte confirme que les premières souches sont associées à des épidémies sporadiques qui ne se sont pas propagées loin", a déclaré Ben Krause-Kyora.

Ce qui a changé à l'époque médiévale, pense-t-il, c'est que les gens ont commencé à vivre dans des communautés plus grandes et plus proches les unes des autres. Ce changement pourrait avoir influencé l'évolution qui a conduit la peste à vivre dans les puces, qui piquent plus facilement les gens. "C'est la bactérie qui s'adapte à la densité de population", a expliqué Ben Krause-Kyora.

Version originale : Aylin Woodward/Insider

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